課程名稱 |
育種試驗資料分析 Data Analysis for Plant Breeding Experiments |
開課學期 |
103-1 |
授課對象 |
生物資源暨農學院 農藝學系 |
授課教師 |
胡凱康 |
課號 |
Agron5013 |
課程識別碼 |
621 U5580 |
班次 |
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學分 |
3 |
全/半年 |
半年 |
必/選修 |
選修 |
上課時間 |
星期三6,7,8(13:20~16:20) |
上課地點 |
農藝304 |
備註 |
與彭雲明、蔡政安、董致韡合開 總人數上限:20人 |
Ceiba 課程網頁 |
http://ceiba.ntu.edu.tw/1031Agron5013_ |
課程簡介影片 |
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核心能力關聯 |
核心能力與課程規劃關聯圖 |
課程大綱
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為確保您我的權利,請尊重智慧財產權及不得非法影印
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課程概述 |
本課程分為以下四個單元:
1. 基本線性代數
2. 基本線性模式
3. 混合型模式
4. 全基因體關聯分析
授課地點在304教室,若時間許可,將在第8節至316電腦教室進行實習操作。 |
課程目標 |
有鑑於新型態試驗分析方法的蓬勃發展,重新規劃育種組選修課程「育種試驗資料分析」(課程編號 Agron 5013)。預定的教學對象為育種組碩士班研究生,或有志於進入研究所育種組的大學部高年級學生。教學內容的主軸為基於混合型模式的全基因體關聯分析 (Genome wide association studies),以及相關的矩陣代數與線型模式等統計基礎,與目前可使用的軟體工具與分析實務 |
課程要求 |
建議先修試驗設計及複因子試驗設計 |
預期每週課後學習時數 |
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Office Hours |
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指定閱讀 |
待補 |
參考書目 |
B. F. J. Manly, 1994. Multivariate Statistical Methods: A Primer. 2nd Ed. Chapman & Hall. |
評量方式 (僅供參考) |
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週次 |
日期 |
單元主題 |
第1週 |
9/17 |
課程簡介(董致韡、胡凱康) |
第2週 |
9/24 |
基本線性代數:矩陣運算(蔡政安) |
第3週 |
10/01 |
基本線性代數:矩陣的幾何特性(蔡政安) |
第4週 |
10/08 |
親緣關係:Based on Genomic data(蔡政安) |
第5週 |
10/15 |
親緣關係:Based on pedigrees(蔡政安) |
第6週 |
10/22 |
基本線性模式:數學模式與設計矩陣(彭雲明) |
第7週 |
10/29 |
基本線性模式:迴歸與變方分析(彭雲明) |
第8週 |
11/05 |
混合型模式:一般試驗設計的混合型模式(彭雲明) |
第9週 |
11/12 |
混合型模式:不完全區集(彭雲明) |
第10週 |
11/19 |
數量遺傳與混合模式:BLUP(胡凱康) |
第11週 |
11/26 |
數量遺傳與混合模式:Henderson's animal model(胡凱康) |
第12週 |
12/03 |
數量遺傳與混合模式:變方成分的估計(REML)(彭雲明) |
第13週 |
12/10 |
全基因體關聯分析:基本定義與方法(董致韡) |
第14週 |
12/17 |
全基因體關聯分析:整合多種因子的分析模式(董致韡) |
第15週 |
12/24 |
軟體工具介紹(董致韡) |
第16週 |
12/31 |
可用數據介紹(董致韡) |
第17週 |
1/07 |
分析實務:分析實務與結果判讀(董致韡) |
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